La ermita de La Ampuyenta fue fundada el 14 de agosto de 1681, por D. Pedro Medina y su esposa Dña. Agustina de Bethancourt, bajo el patronazgo del santo franciscano San Pedro de Alcántara que había sido canonizado en el año 1669. La devoción hacia este santo, reformador de la orden franciscana y colaborador de Sta. Teresa de Ávila en la reforma carmelita, alcanza gran apogeo en ese momento y su culto llega también a Fuerteventura, pues en la Isla ya existía un único convento franciscano, en la villa de Betancuria, en el que residió el santo franciscano San Diego de Alcalá. Este primer templo, de modestas dimensiones, realizado bajo las pautas de la arquitectura eclesiástica rural, con los métodos arquitectónicos tradicionales de la Isla, sufre algunas transformaciones, como la realizada en los años siguientes a 1753, donde se amplía la capilla mayor y se añade una capilla nueva, para rendir culto a las Ánimas del Purgatorio.
